Ein zweiter und dritter Bauabschnitt mit Erweiterung der Orgel um Kronwerk und Rückpositiv auf 57 Register, verteilt auf vier Manuale und Pedal, wurden 1960 und 1962 durch die Firma Ott fertiggestellt.
Bereits 1973 wird die Notwendigkeit zu einer Reinigung der Orgel aufgrund starker Verschmutzungen in Folge einer Kirchenrenovierung festgestellt. Die Orgelbaufirma Hammer erhält schließlich 1974 den Auftrag zu Reparatur- und Instandsetzungsarbeiten. Die Arbeiten werden im Januar 1975 abgenommen.
Im Jahr 1981 wird für die vielfältigen kirchenmusikalischen Aktivitäten zusätzlich eine Truhenorgel mit drei Registern von der Firma Führer aus Wilhelmshaven angefertigt.
Orgelbaumeister Franz Rietzsch erhält 1992 den Auftrag für eine weitere Orgelbaumaßnahme an der Hauptorgel. Dabei werden auch dispositionelle Änderungen vorgenommen: Nachthorn 1‘, Baßcymbel 3fach, Rauschpfeife 2fach und Kornett 2‘ werden dem Pedal entnommen. Eingefügt werden dafür Untersatz 32‘ (C-H als 10 2/3‘, ab c0 transmittiert aus Subbaß 16‘), Baßflöte 4‘ (Übernahme aus dem Pfeifenlager in Wittenberg) und Großquinte 5 1/3‘ (Übernahme aus der Martin Luther-Kirche in Hildesheim). Sämtliche Rohrwerke werden überarbeitet. Das bisherige Regal 4‘ des Kronwerkes wird mit Bechern des Kornett 2‘ zur Trompete 4‘ umfunktioniert; ab g‘‘ wird ein 8‘ als Repetition gebaut.
Die Orgel hat heute folgende Disposition:
Hauptwerk: C bis g‘‘‘ (2. Manual)
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Kronwerk: C bis g‘‘‘ (3. Manual)
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Pommer 16‘
Prinzipal 8‘ (im Prospekt)
Rohrflöte 8‘
Oktave 4‘
Koppelflöte 4‘
Quinte 2 2/3‘
Oktave 2‘
Mixtur 5-6fach (1 1/3‘)
Scharf 3fach (1/3‘)
Trompete 16‘
Trompete 8‘
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Holzpfeife 8‘
Spillgedackt 8‘ (Schwebung)
Prinzipal 4‘ (im Prospekt)
Nachthorn 4‘
Nasat 2 2/3‘
Waldflöte 2‘
Terz 1 3/5‘
Septime 1 1/7‘
Oktave 1‘
None 8/9‘
Scharf 4fach (2/3‘)
Trompete 8‘
Trompete 4‘
Tremulant
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Rückpositiv: C bis g‘‘‘ (1. Manual)
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Brustwerk: C bis g‘‘‘ (4. Manual)
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Quintade 8‘
Gedackt 8‘
Prinzipal 4‘ (im Prospekt)
Rohrflöte 4‘
Gemshorn 2‘
Sifflöte 1 1/3‘
Sesquialtera 2fach (2 2/3‘)
Scharf 4fach (1‘)
Dulzian 16‘
Krummhorn 8‘
Tremulant
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Holzgedackt 8‘
Blockflöte 4‘
Prinzipal 2‘
Rohrflöte 2‘
Terz 1 3/5‘
Quinte 1 1/3‘
Oktave 1‘
Zimbel 3fach (1/2‘)
Vox humana 8‘
Tremulant
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Pedal: C bis f‘
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Spielhilfen:
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Untersatz 32‘
Prinzipal 16‘ (im Prospekt)
Subbaß 16‘
Oktave 8‘
Gedacktpommer 8‘
Quinte 5 1/3‘
Oktave 4‘
Baßflöte 4‘
Nachthorn 2‘
Mixtur 6fach (2 2/3‘)
Posaune 16‘
Trompete 8‘
Trompete 4‘
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Koppeln:
BW/HW, RP/HW, KW/HW, RP/Ped, KW/Ped
Sperrventile:
Ped I, Ped II, BW, KW, HW, RP
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Obwohl die ersten zwanzig Jahre nach Ende des Zweiten Weltkrieges nicht zur positivsten Epoche im Orgelbau gezählt werden kann und aus diesem Grund die meisten dieser Instrumente zwischenzeitlich nicht mehr vorhanden sind, nehmen Ott-Orgeln hier eine positive Ausnahmestellung ein – zumindest durchweg klanglich – auch wenn nicht alles (insbesondere planerischer und handwerklicher Natur) als ausgezeichnet angesehen werden kann.
Die Ott-Orgel der Markuskirche ist zurzeit stark verstaubt und verschmutzt. Sie muss dringend gereinigt werden. Nach der Abdichtung der zurzeit undichten Windladen ist eine gründliche Nachintonation und Stimmung erforderlich. Der Spieltisch und die gesamte Spieltechnik müssen überholt werden. Um der bauartbedingten Schwergängigkeit der Regieranlage begegnen zu können, muss über den Einbau einer elektrischen Setzeranlage nachgedacht werden.
Auch wenn die Orgel gründlich saniert werden muss, ist sie ein Instrument mit unzweifelhaft vielen Stärken und ein in ihren Grundzügen unverändertes Dokument der unmmittelbaren Nachkriegszeit. Der Prospekt ist in einfacher Bauweise gehalten und an vielen Stellen knapp dimensioniert, aber dennoch schön gestaltet. Sie repräsentiert den Typ einer neobarocken Orgel und verfügt daher über viele Aliquot-Stimmen, besitzt jedoch keine Streicherstimmen. Es fehlt Grundtönigkeit, der Klang der Zungenstimmen ist dünn und für die angemessene Darstellung Orgelwerke späterer Musikepochen fehlt ein echtes Schwellwerk.
Im Jahr 2015 hat ein vom Kirchenvorstand berufener Orgelbauausschuss seine Arbeit aufgenommen.